Em janeiro de 2006, Dom Gerardo foi submetido a uma cirurgia de próstata durante a qual foi acometido de um AVC, o que o deixou em coma profundo, sendo transferido através de uma UTI aérea para Fortaleza-CE, onde reside a maioria de seus familiares. Na capital cearense, Dom Gerardo chegou a registrar algumas melhoras, contudo, veio a falecer em 24 de maio de 2006.
Após as homenagens prestadas em seu estado natal, o corpo foi transladado para a cidade de Patos e velado na Catedral Diocesana de Nossa Senhora da Guia. Na tarde da sexta-feira, 26 de maio, foi celebrada a última missa exequial defronte à Catedral, presidida pelo Arcebispo da Paraíba, Dom Aldo di Cillo Pagotto, e concelebrada por vários arcebispos, bispos, padres e diáconos de diversas dioceses. Entre os clérigos estava Dom Paulo Eduardo de Andrade Ponte, arcebispo emérito de São Luís-MA e irmão de Dom Gerardo.
O final da celebração foi marcado por uma forte chuva em meio à qual o corpo do falecido bispo foi translado para o sepultamento no interior da Catedral Diocesana.
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